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In der 3DS-Version von Sonic Generations ähnelt das Gameplay von Modern Sonic dem von Sonic Rush und der DS-Version von Sonic Colors. Er verfügt über den Boost, die Fähigkeit, unter Hindernissen hindurch zu gleiten, von Wänden zu springen und den Homing Attack. Nach der zweiten Ära erlernt Modern Sonic den Stomp. Die Level von Modern Sonic nutzen den 3D-Tiefeneffekt in der 3DS-Version aktiver und bieten eine bessere Sicht, wenn Modern Sonic in den Hintergrund springt, obwohl die Konsolenversionen 3D-TV-kompatibel sind. In der HD-Version kann Modern Sonic nur von bestimmten Wänden springen (ähnlich wie in der DS-Version von Sonic Colors), aber in der 3DS-Version ist er in der Lage, von jeder Wand zu springen (ähnlich wie in Sonic Unleashed und der Wii-Version von Sonic Colors).