In einer weit entfernten Zukunft wurde ein psionisches Hormon im menschlichen Gehirn entdeckt, das den Menschen übersinnliche Kräfte verleiht und die Welt, wie wir sie kennen, verändert.

Gerade als die Menschheit in diese neue Ära eintrat, begannen geistesgestörte Mutanten, die als "Andere" bekannt sind, vom Himmel herabzusteigen und sich nach menschlichen Gehirnen zu sehnen. Da sie äußerst resistent gegen herkömmliche Angriffsmethoden waren, mussten extreme Maßnahmen ergriffen werden, um die überwältigende Bedrohung zu bekämpfen und die Menschheit zu retten.

Diejenigen mit ausgeprägten außersinnlichen Fähigkeiten, den so genannten Psionikern, waren unsere Chance, den Ansturm von oben zu bekämpfen. Bis zum heutigen Tag werden Psioniker wegen ihrer Talente gescoutet und für die Other Suppression Force (OSF) rekrutiert, die letzte Verteidigungslinie der Menschheit.

Schlüpfe in die Rolle von Yuito Sumeragi, einem neuen Rekruten der OSF, der ein Elite-Psioniker werden will, wie der, der ihn als Kind gerettet hat. Erforsche die futuristische Stadt New Himuka und lüfte die Geheimnisse einer Brain Punk-Zukunft, die zwischen Technologie und übersinnlichen Fähigkeiten steht, in SCARLET NEXUS.